Das Amt des Bürgermeisters gibt es in Bayern in moderner Form seit 1818 (Gemeindeedikt). In Rott a. Inn sind seit Ende des 19. Jahrhunderts folgende Bürgermeister dokumentiert:

1894-1905

Mathias Oberberger

1906-1919

Kaspar Amersbichler

1919-1922

Simon Mayer

1922-1929

Josef Aitermoser

1929-1945

Georg Maier

1945-1952

Josef Maier

1952-1966

Alois Valentiner

1966-1996

Josef Altinger

1996-2008

Georg Maier

2008-2020

Marinus Schaber

Seit 2020

Daniel Wendrock