Der Ortsname taucht in unterschiedlichen Schreibweisen auf: Rott am Inn, Rott a. Inn bzw. Rott/Inn oder Rott (Inn), aber nur eine ist amtlich. Die Gemeinde firmiert offiziell unter Rott a. Inn. So lautet auch das Amtssiegel. Die Absegnung des Ortsnamens und das Recht auf Führung eines Gemeindewappens erhielt Rott im Juli 1954 durch das bayerische Innenministerium. In der amtlichen Urkunde heißt es:

„R o t t  a.  I n n ist eine Großgemeinde mit rund 4300 Einwohnern in 32 Orten. Für das neue Gemeindewappen hat der Gemeinderat auf eine geschichtliche Tatsache sowie örtliche Begebenheiten zurückgegriffen. Die Hauptfigur des Wappens (in Rot zwei mit blauen Spitzhelmen bekrönte silberne Türme) entspricht einem erstmals 1358 nachgewiesenen Siegel der ehemaligen Benediktinerabtei Rott: Der Benediktinerorden hat kulturell und wirtschaftlich wesentlich zur Entwicklung des Ortes beigetragen. Der grüne Dreiberg im Schildfuß weist auf die erhöhte Lage von Ort und Kloster über dem Tal des Inn und der den Türmen unterlegte silberne Querfluß auf den Inn selbst hin.“

Das Recht zur Führung des Wappens beinhaltete auch die Zustimmung zu einer rot-weiß längs gestreiften Fahne mit Türmen, die sich ebenfalls im gleichzeitig zugewiesenen Rotter Dienstsiegel befinden.